Nel 1622 Antonio e Domenico Comino edificarono l'attuale chiesa dedicata ai patroni della città su demolizione di edifici religiosi precedenti. La facciata con ricche decorazioni marmoree è considerata il capolavoro di Bernardo Fedrighini. L'interno è diviso in tre navate, con cappelle laterali e affreschi, fra i quali notevoli quelli nel presbiterio di Girolamo Mengozzi Colonna e di Gian Domenico Tiepolo che raccontano l'apparizione e il martirio dei santi Faustino e Giovita. Tra le opere d'arte presenti nella chiesa: l'altare della Croce, del Vantini, la pala dell' "Adorazione del Bambino" di Lattanzio Gambara, l'altare maggiore con l'urna dei Patroni di Giovanni e Antonio Carra (1623) e lo Stendardo processionale della Scuola del Santissimo di Girolamo Romanino. Nella canonica si ammirano altri affreschi di Tiepolo e un portale rinascimentale che immette nel settecentesco chiostro dell’Abate.