La chiesa fu eretta nel 1289 dai frati francescani, giunti a Gargnano per volere del vescovo di Brescia. L'esterno conserva l'impronta romanica, interpretata alla maniera francescana, cioè in uno stile semplice e povero. Sulla facciata a capanna si trova una statua votiva (1301) raffigurante l'immagine di Sant'Antonio da Padova. L'interno della chiesa, che ospita dipinti di Giovanni Andrea Bertanza e Andrea Celesti, era originariamente diviso in tre navate, poi demolite e ridotte a una sola, probabilmente tra il XVII e il XVIII secolo. Sul lato destro dell'edificio si trova il chiostro dell'ex convento francescano. Costruito nella prima metà del XIV secolo, ha la forma di un piccolo cortile quadrato circondato da un portico in stile veneziano con archi inflessi che poggiano sui capitelli di colonne cilindriche. Il chiostro ospita anche due antiche tracce di epoca romana, rinvenute a Gargnano: una lapide (scoperta nel 1837) è dedicata a Nettuno, mentre un piccolo altare onora Revino, una divinità locale. Sempre nel chiostro, lo stemma marmoreo quattrocentesco del Comune di Gargnano, identificato dalla sigla C.G.: Communitatis Gargnani. Lo stemma araldico raffigura una lupa rampante che tiene tra le zampe un giglio, sormontato da una corona rovesciata. Nel 1879 il convento divenne proprietà della Società del Lago di Garda, che lo adattò a magazzino di agrumi; solo nel 1912 il governo italiano ha riconosciuto la chiesa come monumento nazionale.