Fu voluto dal marchese Francesco II Gonzaga e costruito tra il 1506 e il 1508 per ospitare i Trionfi di Cesare di Andrea Mantegna, oggi nelle collezioni reali ad Hampton Court. Situato sull’asse viario che collega Palazzo Ducale a Palazzo Te, Palazzo San Sebastiano è dal 2005 sede del Museo della Città con il compito di ospitare reperti e opere d’arte di proprietà civica legati alle diverse epoche della storia di Mantova, dalle sue origini al Settecento. Al suo interno moderne postazioni multimediali permettono di approfondire la contestualizzazione urbanistica ed artistica delle opere, per una completa comprensione del legame tra museo e territorio.