La chiesa di San Francesco fu costruita negli anni 1254-1265, rifacendosi a uno stile di transizione fra il Romanico e il Gotico: lo testimoniano la facciata con terminazione a capanna, il magnifico rosone e il portale marmoreo. L`interno, semplice e severo, ha un’impostazione basilicale a tre navate. Ricchissima è la decorazione pittorica di questa chiesa: una Deposizione di ambito giottesco; la tavola del Moretto Santa Margherita di Cortona tra i santi Francesco e Gerolamo; nella lunetta Visitazione, affresco attribuito a Francesco Prata da Caravaggio. Da notare anche l`affresco Pentecoste del Romanino sul quarto altare. Nel presbiterio spiccano la tela Vergine in trono col Bambino e Santi, uno dei capolavori giovanili del Romanino. Dalla porta di fondo della navata destra si accede al grazioso chiostrino della Madonnina mentre sul lato occidentale si trova il chiostro grande.
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