Le collezioni permanenti, poste al primo piano, sono divise in quattro sezioni dedicate alla pittura e alla scultura, ai codici miniati, all’oreficeria sacra e al tessuto liturgico.Nella sezione dedicata alla pittura e alla scultura sono esposte opere di artisti di area bresciana e veneta, tra i quali: Paolo Veneziano, Vivarini, il Moretto, Romanino, Tintoretto, Andrea Celesti, Gian Battista Pittoni e Giambattista Tiepolo.La sezione dedicata all’oreficeria sacra annovera manufatti a partire dalla seconda metà del XV secolo.Nella sezione dedicata ai codici miniati è possibile ammirare una raccolta di volumi manoscritti, realizzati a partire dal XII secolo, mentre la sezione dedicata al tessuto liturgico è una delle più ricche e ampie d’Italia. Vi sono conservati esempi di manifatture veneziane, italiane e francesi a partire dal XV secolo.